银杏是裸子植物，没有果实，只有种子。俗称"白果"的干果果品，实际上只是除去了肉质外种皮后的银杏种子。
        银杏全籽的形状多变，从长倒卵形到圆盘形都有所见，但多数为卵形。成熟时橙黄色到桔红色，也见到有个别植株，全籽呈接近紫色的深红色；一般外披白粉，具油滴。种子着生于由珠盘发育而成的种托上，而种柄则着生于铃枝的叶腋。种实的外形，种皮上白粉的多少，外种皮的色泽，油滴的大小、稀密与形状，种柄的长度，以及种托的形状等往往都能作为类型和品种的区分标准。
        银杏全籽长2．0-4．0厘米，宽2．0-3．0厘米，全重5．0-20．0克，种柄长1．5-5．5厘米。成熟的种子由外种皮、中种皮、内种皮、胚乳及胚等组成。
银杏的外种皮较厚，肉质，一般占整个种子重量的四分之三，最小占60％，最多占90％。表皮由两层薄壁细胞组成，内含无色透明结晶体。表皮内为大量肉质细胞，富合浆汁，具异臭，有腐蚀性。据测定，外种皮内含白果酸、白果醇、白果酚等有机成分，可提取供药用。
        银杏的中种皮骨质，乳白色，一般具2条纵脊。多纵脊现象，长期以来都被介绍为判别其后代是雌还是雄的标志，实际上，这是胚珠形成过程中维管束分化时出现的异常。除了维管束状态外，偶尔也能见到只有一条维管束的种子。这种维管束的多少，与其将来能否长成雌树或雄树，没有任何必然联系。中种皮做切片镜检，可见其是由6一10层石细胞组成。石细胞长70-100微米，最长260微米；宽27-50微米，最贸70微米，排列整齐、紧密。
        银杏的内种皮膜质，淡褐色，由1-2层薄壁细胞所组成。细胞一般长160--240微米，宽33-100微米。内种皮可明显分为前后两部分。靠种柄一端，膜质较厚，颜色偏深；靠珠孔一端，膜质较薄，色泽偏淡。在显微镜下可以清楚地见到，内种皮是具螺纹的输导组织细胞木质化后的产物。
        银杏的胚乳肉质，淡黄绿色。胚乳细胞直径40-70微米，细胞内以圆形或三角形的淀粉粒为主。胚乳内富合营养，是似杏种子萌发并长成胚苗的营养来源胚乳内还含有一定的龄用成分，是我国民间用以防治某些疾病将其入药的主要原料银杏胚，由胚根、胚茎、子叶三部分组成。子叶一般2枚，少数3-5枚。刚采收的种胚，一般只见胚的痕迹。采收后1-30天内，子叶就可伸长到5毫米以上。特别是子叶内侧可见大量气孔构造，这表明银杏的祖先，也是上表皮有气孔的类型。银杏的子叶具有吸收能力。银杏种子的发芽及初期生长，胚苗是通过子叶从胚乳吸收营养的。取胚作离体培养，依靠于叶从培养基中吸取养分，也能保证胚的正常生长。银杏胚根外接种子的一端，也是种子发芽时胚根首先突破中种皮的部位。
　     银杏种子的构造。还为银杏的天然更新创造了条件。银杏种子的外种皮，含有某些能抑制种子发芽的物质。所以，种子成熟自然脱落后不会过早萌发而导致霜冻危害。外种皮的厚度也不均匀，以靠近珠孔处最薄。当外种皮逐步干缩失去这种抑制作用后，又为种子的正常发根、生长创造了条件。而干缩的外种皮，在保持种子的湿度、防止病菌的侵入方面．又能起到应有的作用。银杏的中种皮骨质，不易破损，所以当某些动物，如子狸(有的地方叫白眉子或白果狸)取食后，可随同粪便排出，这些种子仍具发芽力。所以果子狸又成了银杏自然扩散的迁移者。这就是为什么银杏能够实现天然更新，并在一些地方保存下来的内部因素。
        实验证明银杏天然更新的可能性，我们进行了银杏带外种皮的播种试验。仿效自然条件，让带外种皮的银杏种子种皮干缩后播种，平均发芽力为60％一70％的梅核种子播种后仍有36％长成了幼苗。这说明，在适宜条件下，银杏确实可以实现天然更新。我们曾在西天目山的大块乱石丛中见到了银杏树。很难想象这是由人工种植的，最大可能就是由动物搬迁种子后长出的实生银杏后代。